En el nivel medio, el Instituto ofrece actualmente dos titulaciones: bachiller en agro en alternancia de tercer año a quinto año con una duración de 5 años y técnico en producción agro pecuaria en primero y segundo año con una duración de 6 años. La nueva modalidad implica otorgar un título de técnico medio a los egresados, cuya implicancia consiste en fomentar la capacitación a las áreas rurales de la provincia de Misiones a partir de nuevos emprendimientos y del asesoramiento que podrán realizar dichos egresados